Powstała w latach 1902-05 w wyniku przebudowy kościoła pw. św Wawrzyńca. Zbudował ją prawosławny arcybiskup warszawski H. Egzemplarski dla uczczenia pamięci swojego syna. Dwa tygodnie po złożeniu go do krypty zmarł arcybiskup i został pochowany obok syna.
Pierwszy kościół w Gietrzwałdzie powstał około 1500 roku. Była to jednonawowa świątynia na podmurówce z kamienia. W ciągu wieków kościół był wielokrotnie przebudowywany. Kult Matki Boskiej narodzil sie tu bardzo wcześnie i był związany z obrazem Matki Boskiej Gietrzwałdzkiej znajdującej sie w ołtarzu głównym kościoła od co najmniej 1505. Największym wydarzeniem w tej niedużej wiosce warmińskiej były objawienia Matki Bożej w 1877r.. Objawienia gietrzwałdzkie miały miejsce dziewiętnaście lat po Lourdes i trwały od 27 czerwca do 16 września 1877 roku. Głównymi wizjonerkami były: trzynastoletnia Justyna Szafryńska i dwunastoletnia Barbara Samulowska. Obie pochodziły z niezamożnych polskich rodzin. Matka Boża przemówiła do nich po polsku, w gwarze warmińskiej. W 1977 Kościół zatwierdził treść Objawień jako autentyczne.